براساس سند برنامه راهبردی موسسه پژوهش و برنامهریزی آموزش عالی، ماموریت موسسه به این صورت بیان شده است: «موسسه پژوهش و برنامهریزی آموزش عالی به عنوان یکی از مراکز تحقیقاتی آموزش عالی در چارچوب سیاستهای کلان وزارت علوم، تحقیقات و فناوری نظام جمهوری اسلامی ایران، رسالت پژوهش در زمینه دانشهای مرتبط با آموزش عالی، تولید و ترویج دانشآموزش عالی، سیاستپژوهی و برنامه‌ریزی، ارزیابی، نوآوری و تربیت نیروی انسانی را برعهده دارد». عمدهترین هدف تاسیس این موسسه در زمینه ایجاد شرایط لازم برای ارتقای فعالیتهای پژوهشی و سیاستگذاری تعریف شده است. آنچه که از این اهداف در زمینه سنجش علم و فناوری برمیآید، این است که آن موسسه می تواند با استفاده از تحقیقات انجام شده و تحلیل وضعیت موجود به امر برنامهریزی در آموزش عالی کمک کند. بنابراین هر چند که سنجش علم، فناوری و نوآوری از اهداف اصلی آن موسسه به شمار نمیآید، اما آن موسسه به منظور دستیابی به اهداف خود در پارهای از موارد برخی از ابعاد علم، فناوری و نوآوری را که بیشتر بر محور آموزش عالی تمرکز دارد میسنجد.

این موسسه از دهه 70 تاکنون توسط گروه پژوهشی مطالعات تطبیقی و کمیته آماربخشی در زمینه پایش و ارزیابی تلاشهایی نظیر تهیه و ارائه گزارش آمار آموزش عالی و رتبه بندی دانشگاههای جهان اسلام را  با کمک مرکز منطقهای اطلاعرسانی علم و فناوری انجام داده است. برخی از شاخصهایی که در گزارش آمار آموزش عالی تدوین شده است عبارتند از: توزیع پذیرفتهشدگان، دانشجویان، دانشآموختگان و کادر آموزشی به تفکیک نوع مراکز آموزشی، نوع وابستگی مراکز، استان محل تحصیل، و گروههای تحصیلی.