براساس وظایف معاونت پژوهش های علم و فناوری در مرکز تحقیقات استراتژیک،  دو وظیفه   این مرکز در ارتباط با پایش و ارزیابی به این صورت بیان شده است: «رصد محیط خارجی پایش وضعیت کشور در حوزه علم و فناوری» و  «ارزیابی و آسیب‌شناسی سیاست‌ها و برنامه‌های علم و فناوری کشور ».

این مرکز از دهه هشتاد تاکنون توسط معاونت پژوهش‌های علم و فناوری  مبادرت به تولید مقالات و گزارش‌های راهبردی در زمینه پایش و ارزیابی علم و فناوری نموده است. از جمله این گزارشها میتوان به مواردی نظیر  «ارزیابی و تحلیل بخش علم و فناوري قانون برنامه پنجم توسعه از منظر اسناد فرادستی»، «پویش محیطی ارزیابی آموزش عالی در کشورهای منتخب و درس‌هایی برای ایران»، «مدل‌سازی رابطه کارکردهای مدیریت دانش و شاخص‌های عملکرد نظام ملی نوآوری»، و «نگاهی به پژوهش و فناوری در لایحه بودجه سال 1389» اشاره نمود. شاخصهای مورد بررسی  در ارزیابی بخش علم و فناوری عبارتند از: تشویق، مشارکت و تعاملات بینالمللی، پاسخگویی،  همکاریهای فرابخشی و بینالمللی، توانمدسازی منابع انسانی و توسعه زیرساختها، پژوهش و فناوری، آموزش، و  فرهنگ در حوزه علم و فناوری.