براساس سیاستهای معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت درج شده در وبگاه آن وزارت، یکی از سیاستهای مرتبط با پایش و ارزیابی عبارتند از: «پایش و ارزشیابی فعالیتهای پژوهشی در دانشگاه‌های علوم پزشکی و مراکز تحقیقاتی مصوب و حمایت از آنها براساس شاخصهای بدست آمده.»

وزارت بهداشت از طریق معاونت تحقیقات و فناوری خود چند دهه است که مبادرت به ارزیابی و سنجش دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی خود براساس شاخصهای تدوین شده می‌نماید .گزارش نتایج ارزیابی با عنوان نتایج ارزشیابی به تفکیک دانشگاه‌ها و مراکز تحقیقاتی در وبگاه گروه نظارت و ارزشیابی معاونت تحقیقات و فناوری منتشر می‌شود.  برخی از شاخصهای مورد استفاده در ارزشیابی عبارتند از: مشخصات طرحهای مصوب نظیر مجری، هزینه؛ نوع اطلاعات مقاله مانند نوع، نمایه آن و داخلی یا خارجی بودن مقاله.